Dans ce cas, il s'agit de recréer des zones favorisant l'autoépuration des milieux naturels au sein même de zones aquatiques existantes, tel que des cours d'eau, des étangs, des canaux.

Hormis le bienfait sur l'épuration des eaux, permettant classiquement de lutter contre les développements algals, l'intérêt réside également sur le bénéfice en terme de biodiversité retrouvé.

Ces techniques sont à cheval entre la phytoépuration et le génie écologique.