La phytoépuration est largement utilisée pour répondre aux questions de traitement complet des eaux usées domestiques que ce soit pour des communes (jusqu'à 2000 EH) ou de l'habitat semi collectif en assainissement non collectif (>20 EH)

La composition de ce système met en oeuvre une association de filtres toujours verticaux sur un premier étage, soit vertical ou soit horizontal sur un second étage. Ce choix dépend des performances de traitements exigées. Sur un système classique, il faut compter entre 2 et 2,5  m²/EH de surface de filtres.

Avec ce type d’installation, il n’y a pas besoin d’employés spécifiquement qualifiés et la commune peut gérer son installation seule, sans risque.

Il n’y a ni ajout de produits chimiques ou de toute autre nature, ni gestion de sous-produits dangereux.
Les coûts d’exploitation sont donc faibles, puisqu’il n’y a aucun consommable ou sous-produit encombrant à gérer.

Ces ouvrages de traitement proposés font l’objet d’une intégration paysagère dans l’environnement local ; de part la forme, la position des filtres et le choix des plantes et prairies.

Ces filtres acceptent des variations de charges sans baisse de performances, et sont notamment adaptés à des hausses, même importantes, en particulier durant la période estivale au moment où les plantes sont bien développées, l’activité des microorganismes à son maximum.

Ces traitements peuvent être complétés par des traitements de finitions et/ou des zones d'infiltration, évapotranspiration afin de limiter l'impact du rejet au milieu naturel.